Zagadnienie związane ze szczegółowymi zasadami wystawiania recept oraz ich kontroli uregulowane zostało w rozporządzeniu Ministra Zdrowia z dnia 8 marca 2012 r. w sprawie recept lekarskich, oraz w ustawie o świadczeniach opieki zdrowotnej finansowanych ze środków publicznych.

Recepta lekarska wraz z potwierdzeniem jej  realizacji polegającym na naniesieniu na dokumencie imienia i nazwiska osoby realizującej oraz złożeniu własnoręcznego podpisu przez tą osobę a także otaksowaniem, które zawiera informacje na temat wydanych leków oraz kosztów jakie w związku z tym poniósł pacjent jest dowodem na poprawnie wykonaną usługę, dlatego musi być przechowywana w aptece przez określony okres czasu w odpowiednich warunkach.   Po zrealizowaniu recepty w aptece musi ona trafić do archiwum.

Ustawa o refundacji leków z dnia 12 maja 2011 r. zasadniczo zmienia dotychczasowe przepisy regulujące czynności kontrolne przeprowadzane przez urzędników Narodowego Funduszu Zdrowia, i to zarówno w aspekcie wystawiania recept lekarskich, jak również ich realizacji w aptekach ogólnodostępnych. Już teraz ocenia się, że obok obowiązku zawierania umów z NFZ, wprowadzeniem sztywnych marż na refundowane produkty lecznicze, zakazu reklamy aptek czy modyfikacji zasad tzw. substytucji aptecznej, mogą one w niedalekiej przyszłości negatywnie wpłynąć na kondycję i właściwe funkcjonowanie tych placówek.